第一條  凡符合《無公害農產品管理辦法》規定，生產產品在《實施無公害農產品認證的產品目錄》內，具有無公害農產品產地認定有效證書的單位和個人（以下簡稱申請人），均可申請無公害農產品認證。
　　第二條  申請人從中心、分中心或所在地省級無公害農產品認證歸口單位領取，或者從中國農業信息網（www.agri.gov.cn）下載《無公害農產品認證申請書》及有關資料。
　　第三條  申請人直接或者通過省級無公害農產品認證歸口單位向申請認證產品所屬行業分中心提交以下材料（一式兩份）：
　　1）《無公害農產品認證申請書》；
　　2）《無公害農產品產地認定證書》（復印件）；
　　3）產地《環境檢驗報告》和《環境現狀評價報告》（2年內的）；
　　4）產地區域范圍和生產規模；
　　5）無公害農產品生產計劃；
　　6）無公害農產品質量控制措施；
　　7）無公害農產品生產操作規程；
　　8）專業技術人員的資質證明；
　　9）保證執行無公害農產品標準和規范的聲明；
　　10）無公害農產品有關培訓情況和計劃；
　　11）申請認證產品上個生產周期的生產過程記錄檔案（投入品的使用記錄和病蟲草鼠害防治記錄）；
　　12）“公司加農戶”形式的申請人應當提供公司和農戶簽訂的購銷合同范本、農戶名單以及管理措施；
　　13）要求提交的其他材料（詳見種植業、畜牧業、漁業產品認證申請書）。
　　第四條  分中心自收到申請材料之日起，在10個工作日內完成申請材料的審查工作。
　　第五條  申請材料不符合要求的，中心書面通知申請人，本生產周期內不再受理其申請。
　　第六條  申請材料不規范的，分中心書面通知申請人補充相關材料。申請人在規定的時間內按要求完成補充材料并報分中心。分中心在5個工作日內完成補充材料的審查工作。
　　第七條  申請材料符合要求但需要對產地進行現場檢查的，分中心組織檢查員和專家組成檢查組，進行現場檢查。
　　現場檢查不符合要求的，中心書面通知申請人，本生產周期內不再受理其申請。
　　第八條  申請材料符合要求（不需要對申請認證產品產地進行現場檢查的）或者申請材料和產地現場檢查符合要求的，分中心書面通知申請人委托有資質的檢測機構對其申請認證產品進行抽樣檢驗。
　　第九條  產品檢驗不合格的，中心書面通知申請人，本生產周期內不再受理其申請。
　　第十條  中心在5個工作日內完成對材料審查、現場檢查（需要時）和產品檢驗的審核工作。組織評審委員會專家進行全面評審，在15個工作日內作出認證結論。
　　（一）同意頒證的，中心主任簽發《無公害農產品認證證書》；
　　（二）不同意頒證的，中心書面通知申請人。
　　第十一條  中心根據申請人生產規模、包裝規格核發無公害農產品認證標志。
　　第十二條  《無公害農產品認證證書》有效期為3年，期滿如需繼續使用，證書持有人應當在有效期滿90日前按本程序重新辦理。
　　第十三條  任何單位和個人（以下簡稱投訴人）對中心檢查員、工作人員、認證結論、委托檢測機構、獲證人等有異議的均可向中心提出投訴。
　　第十四條  中心應當及時調查、處理所投訴事項，并將結果通報投訴人。
　　第十五條  投訴人對中心的處理結論仍有異議，可向農業部和國家認證認可監督管理委員會投訴。