在無公害蔬菜生產中，允許使用的肥料類型和種類有：
    1、優質有機肥。如堆肥、廄肥、沼氣肥、綠肥、作物秸稈、泥肥、餅肥等。施用前應充分腐熟。2、生物菌肥。包括腐殖酸類肥料、根瘤菌肥料、磷細菌肥料、復合微生物肥料等。3、無機肥料。如硫酸銨、尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀等既不含氯、又不含硝態氮的氮磷鉀化肥，以及各地生產的蔬菜專用肥。4、微量元素肥料。即以銅、鐵、硼、鋅、錳、鉬等微量元素及有益元素為主配制的肥料。5、其它肥料。如骨粉、氨基酸殘渣、糖廠廢料等。
    為降低污染，充分發揮肥效，應實施測土配方平衡施肥，具體應包括肥料的品種和用量；基肥、追肥比例；追肥次數和時期；以及根據肥料特征采用的施肥方式。配方施肥是無公害蔬菜生產的基本施肥技術。
    在實施化肥、蔬菜專用肥時要深施、早施，深施可以減少養分揮發，一般銨態氮施于6厘米以下上層，尿素施于10厘米以下上層，磷鉀肥施于15厘米以下土層，蔬菜專用肥施于15厘米以下土層。不同類型的蔬菜，硝酸鹽的累積程度有很大差異，一般是葉菜高于瓜菜，瓜菜高于果菜。另外，同一種蔬菜在不同氣候條件下，硝酸鹽含量也有差異，一般高溫強光下，硝酸鹽積累少。