有機農(nóng)業(yè)防治病蟲草害的原則是采用的品種及耕作栽培措施必須保證農(nóng)作物所受病蟲草害危害造成的損失最低。在目前的非有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，還普遍存在著植保工作忽視綜合治理的傾向。在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，只要能增加產(chǎn)量的措施(如采用高產(chǎn)而不抗病蟲的品種、過量的施肥、密植等)就推廣。而很少考慮這些措施推廣后對病蟲草害的發(fā)生是否有利？某些措施的推廣改變了農(nóng)田局部的生態(tài)條件，常導(dǎo)致病蟲草害的猖獗。為防治病蟲草害不得不使用化學(xué)農(nóng)藥，造成農(nóng)產(chǎn)品中農(nóng)藥殘留的超標和對環(huán)境的污染。有機農(nóng)業(yè)則是重點采用適應(yīng)當?shù)丨h(huán)境的抗(耐)病蟲品種，平衡的施肥，培育有較高生物活性的土壤，合理的輪作間作方法等，通過這些措施改變病蟲草的生態(tài)需要來調(diào)控病蟲草的發(fā)生，將農(nóng)作物受病蟲草的危害降低到最低的程度。
　　
　　有機農(nóng)業(yè)中防治病蟲采用的方法是：
1、采用合適的能抑制病蟲草害發(fā)生的耕作栽培措施，如采用抗(耐)病蟲品、合理的輪作、平衡施肥、調(diào)整播種期、覆蓋等；
2、保護和利用病蟲、雜草的天敵；
3、采用國際有機作物改良協(xié)會(OCIA)認證委員會允許使用的可以用來控制病蟲草害的植物源、動物源、微生物源、礦物源農(nóng)藥；
4、可以使用熱消毒、隔離、色素引誘等物理措施；
5、有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中不允許使用人工合成的除草劑、殺菌劑、殺蟲劑、植物生長調(diào)節(jié)劑和其他農(nóng)藥，不允許使用甘因工程生物或其產(chǎn)物。